On ne connaissait la flore cutanée du chien que par le biais de cultures bactériennes ou fongiques. Aujourd'hui les outils de biologie moléculaire permettent de détecter champignons et bactéries présents en quantité très faibles, mais aussi de connaitre la variété de leur patrimoine génétique. Une étude récente menée chez des chiens sains et atopiques montre qu'il existe une bien plus grande variété bactérienne à la surface de la peau velue et des jonctions cutanéo-muqueuses que ce qui était couramment admis. D'autre part, il existe de très grandes variations individuelles et selon les zones corporelles. Curieusement, les espèces bactériennes sont plus nombreuses au niveau des ars, de la région inguinale et dorsolombaire, du chanfrein, des paupières, des conques auriculaires et des espaces interdigités, qu'au niveau des narines, des lèvres et des conjonctives.
L'environnement (intérieur/extérieur) ou l'infestation par les puces n'influent pas sur la richesse en espèces de bactéries.
Exemple de nouvelles espèces identifiées:
- Ralstonia (Gram- considérées comme environnementales autrefois): abondantes chez les chiens sains, absent chez les chiens atopiques
- Moraxellaceae souvent isolées des narines des chiens sains
On observe une moins grande variété d'espèces sur la peau velue des chiens atopiques, ce qui est en accord avec ce que l'on observe chez l'homme. Ceci pourrait être le reflet des antibiothérapies antérieures, bien que tout traitement antibiotique ait été interrompu un mois auparavant.
Rodrigues Hoffmann, A., A. P. Patterson, et al. (2014). "The skin microbiome in healthy and allergic dogs." PLoS One 9(1): e83197.