Les acides gras essentiels (AGPI, omega 3 ou 6) entrent dans le métabolisme des lipides membranaires. Cette incorporation prend plusieurs semaines, donc ils ne sont pas indiqués dans le traitement des poussées, mais bien dans le traitement de fond de la dermatite atopique canine.
Toutes les études montrent que les AGPI (Omega 3 et omega 6) permettent d'améliorer la qualité du pelage chez les chiens atopiques. Les ration omega 3/omega 6 fait l'objet de nombreuses controverses toujours non résolues (pas de composition supérieure à une autre).
L'effet sur les démangeaisons est par contre presque nul.
On notera que les aliments enrichis en AGPI (comme les aliments hypoallergéniques) contiennent des doses supérieures à ce que l'on obtient avec les compléments alimentaires à base d'AGPI.
Le peu d'effet de ces acides gras en fait un traitement d'appoint soit lors de sécheresse cutanée, soit lorsque l'on tente de limiter le recours à des traitements systémiques. En effet les traitements au long cours avec ces acides gras permettent d'observer chez le chien atopique une restructuration de la couche cornée.